上海和黃藥業建立了自主研發與產學研醫并重的科技創新體系，與海軍軍醫大學、清華大學、復旦大學、上海中醫藥大學、上海食品藥品檢驗所、中國中醫科學院、中國醫學科學院藥用植物研究所、中國科學院上海藥物研究所、香港科技大學、香港大學、英國劍橋大學、美國耶魯大學等高校、科研單位建立了長期穩定的合作關系。在公司內部則建立了研發、生產、質量聯合攻關機制。

近年來，公司圍繞現有產品二次開發、新產品開發、中藥材基地關鍵技術研究與建設開展工作，共承擔政府科技計劃項目41項，其中，國家項目9項、省級項目32項；生產、質量技術協作項目150余項。

2020年3月5日，上海和黃藥業與上海中醫藥大學附屬龍華醫院合作開發的中藥6類新藥參芪麝蓉丸獲國家藥品監督管理局（NMPA）批準的臨床試驗許可，臨床擬用于治療輕、中度脊髓型頸椎?。ㄖ嗅t辨證屬于氣虛血瘀腎虧證）。

頸椎病可分為頸型、神經根型、脊髓型、其他型（椎動脈型、交感型）。脊髓型頸椎?。–ervical spondylotic myelopathy，CSM）是指由頸椎小關節及椎間盤退變為基本病理基礎，繼發形成椎體緣骨贅，并以此壓迫脊髓或支配脊髓的血管，使該節段椎管管腔狹窄并導致脊髓的慢性壓迫或（和）脊髓血供障礙并引起與之相關的脊髓功能障礙頸椎病，其占所有頸椎病的10%-15%。

2020年12月29日，上海和黃藥業與上海中醫藥大學附屬龍華醫院合作開發的中藥1類新藥健腰密骨片獲國家藥品監督管理局（NMPA）批準的臨床試驗許可，臨床擬用于治療腎虛血瘀型老年性骨質疏松癥之腰痛。

骨質疏松癥（Osteoporosis，OP）是老年常見病，以骨量減少，骨組織微細結構破壞導致骨脆性增加和骨折危險性增加為特征的一種系統性、全身性骨骼疾病，其臨床癥狀多為骨骼疼痛和骨折。疼痛是骨質疏松患者就診的最主要原因，其中以慢性腰部疼痛為骨質疏松癥最主要的臨床表現之一。老年骨質疏松性腰痛是50歲以上老年人群最常見的腰部疾患，在老年人群中的發病率約為25.2％。因此，開發治療由骨質疏松引發的腰痛的藥物需求尤為迫切，具有重要的開發價值和臨床意義。

2021年10月11日和10月18日，上海和黃藥業有限公司開發的用于治療急性缺血性腦卒中的SHPL-49注射液分別獲得NMPA（中國國家藥品監督管理局）和FDA（美國食品藥品監督管理局）的臨床試驗許可。該藥物對急性缺血性腦卒中具有神經保護作用，是具有完全自主知識產權的全新結構化合物，也是上海和黃藥業心腦血管藥物研發管線首個化藥1類新藥。